Escribe San Buenaventura que fue por el nombre, y por ser frecuentes las visitas angélicas, por lo que el Santo se instaló allí, para vivir "de continuo".
Desde la Edad Media, Asís, lugar natal de San Francisco, ha estado asociada estrechamente al culto y a la difusión del movimiento franciscano en el mundo
Todos sus hijos y hermanos vivían en aquel lugar con su Padre, padeciendo mucho y careciendo de todo, privados muchísimas veces hasta del alivio de un bocado de pan
Ya en el siglo XIV era conocido también como iglesia "menor" o "pequeña" (piccola) de San Francisco, para distinguirla de la gran basílica donde está sepultado el santo